Kastoria wird vom nationalen Flughafen Kastoria „Aristotelis“ bedient, der etwa 3 km vom Stadtzentrum entfernt liegt (ca. 10 Minuten mit dem Auto). Für internationale Reisende sind die nächstgelegenen großen Flughäfen der Flughafen Thessaloniki „Makedonia“ (etwa 330 km entfernt, ca. 1 Stunde Flug nach Athen bei Weiterverbindung) und der Athen Internationale Flughafen „Eleftherios Venizelos“ (etwa 650 km entfernt, ca. 1 Stunde Flug nach Thessaloniki bei Weiterverbindung). Von beiden großen Flughäfen aus dauert die Weiterreise nach Kastoria auf dem Landweg etwa 4–8 Stunden.